Le Domaine Jean-Marc Boillot prend vie en 1989 et représente l'histoire d'une passion combative et d'une rupture avec le passé. Jean-Marc figure parmi ces jeunes bourguignons déterminés à améliorer les productions familiales et à cet effet, après 13 vendanges suivies au Domaine Henri Boillot, en 1984, il abandonne l'entreprise familiale pour chercher sa propre voie vers des vinifications plus concentrées, riches et mûres. Devenu œnologue chez Olivier Leflaive, il poursuit son activité viticole en mettant en bouteille sous sa propre étiquette le fruit de 2 hectares de vigne : ce sont des vins qui impressionnent son grand-père paternel Henri, qui décide de lui léguer la moitié de son domaine. De sa maison ancienne et de la cave à Pommard, Jean-Marc gère son nouveau Domaine, tandis que de l'autre branche de la famille, représentée par l'éminente figure de son grand-père Etienne Sauzet, il reçoit les précieux et anciens parcelles de Jarollières, Combettes et Champ Canet. L'artisanat familial se poursuit aujourd'hui avec ses enfants Benjamin et Lydie, accompagnés de son mari François et de leurs enfants.
Le Le Domaine Jean-Marc Boillot s'étend sur une superficie totale d'environ 11 hectares, divisés en plusieurs parcelles qui constituent un mosaïque de précieux terroirs dans les lieux magiques de la Côte de Beaune. Le siège opérationnel est situé dans le village de Pommard, où sont cultivés les Premier Cru Rugiens et Jarollières, et qui représente l'un des bastions méridionaux du Pinot Noir de qualité supérieure, avec le village adjacent de Volnay : ici, la famille gère les Premier Cru Pitures et Carelle sous la Chapelle. La part du lion est cependant constituée par le village de Puligny-Montrachet, où la propriété s'étend à l'intérieur de plusieurs Premier Cru : Champ Canet et Les Combettes, composés de ceps de plus de 60 ans, La Garenne, La Truffière, Les Chalumeaux, Les Referts et Sous le Puits. Sur tous se dressent les 0,18 hectares de rangs à l'intérieur du Batard-Montrachet, l'un des Grand Cru de raisins blancs les plus célèbres du monde. Les vignes sont cultivées avec des densités de plantation très élevées, allant jusqu'à 12 000 ceps par hectare, dans un environnement qui préserve au maximum la biodiversité.
Dans la cave du Domaine Jean-Marc Boillot, on effectue des vinifications dans le respect de la tradition, en utilisant des raisins récoltés à pleine maturité et vendangés à la main dans de petites caisses. Les Chardonnay sont réalisés par pressurage pneumatique des grappes entières : fermentations en fûts de chêne et malolactique et élevages pendant au moins 11 mois en barrique, dont environ un tiers est neuf. Les Pinot Noir, quant à eux, prévoient le déraçage des grappes et des macérations jusqu'à 21 jours, avec des fermentations ultérieures à des températures élevées et des pressages en pressoir : tant la malolactique que l'élevage se déroulent en barrique, pendant environ un tiers neuf.